
Fue la segunda guerra carlista (1872-1876) la que afectó a Portugalete de una manera feroz. Los hechos fueron relatados por el Dr. Escorihuela en un diario de los sucesos de Portugalete, sitio y bombardeo, desde julio de 1873 hasta marzo de 1874.
Solamente estuvo Portugalete en poder de los carlistas tres meses y diez días, pero los efectos de la guerra para su conquista fueron muy devastadores. Entre ellos cabe citar la destrucción de la torre de la iglesia de Santa María que era el observatorio de los liberales y la Escuela del campo de la iglesia su cuartel general. Muchas casas del entorno fueron destruidas e incendiado al Muelle Nuevo.
Las monjas del Convento de Santa Clara tuvieron que abandonar su recinto y la población estaba despavorida. Para el recuerdo han quedado algunas fotografías y grabados que muestran los impactos de los cañonazos en la iglesia y los movimientos de tropas. La conquista de aquel Portugalete liberal era un objetivo primordial para los carlistas con la finalidad de conseguir el posterior aislamiento de Bilbao.
En un primer avance los sitiadores alcanzaron la plaza del Cristo, pero con la llegada del General republicano Llagunero se reforzó la Villa obligándoles a retirarse. Al mando de don Cástor Andéchaga y el General Dorregaray los carlistas sometieron a Portugalete a un duro asedio. Fue bombardeado desde los muelles de Las Arenas y con las baterías de cañones de los fuertes de S. Roque, Campanzar y El Cuervo que entonces existían.
La población luchó con todas sus fuerzas, pero al final del fuerte acoso y vista la situación, sin refuerzos, el Comandante Quijada decidió la rendición de Portugalete el día 21 de enero de 1874. Los vencedores inmediatamente hicieron obras en la ría para que no cruzara ningún barco hacia Bilbao. El día 1 de mayo el General Serrano ordenó la liberación de Portugalete, efectuándose a media mañana del mismo día. Al día siguiente entraba en Bilbao el general Concha con sus tropas consiguiendo que se retirasen las fuerzas carlistas.